労使協定とは？36協定との違いや届出の要否について解説

事業者は労働者と労使協定の締結が義務づけられています。
ただし、全てのケースにおいて必要なわけではなく、不要なパターンもあります。
適切に処理するためにも、基礎知識を習得しておきましょう。
本記事では、労使協定の意味や36協定との違い、届出の要否などについて詳しく解説します。

1.労使協定とは
2.労使協定の届出の要・不要
3.労使協定違反の罰則
4.労使協定違反を防ぐためのポイント
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1.労使協定とは

労使協定は、使用者と労働者の間で書面により交わされる取り決めを指します。
使用者は、労働者の過半数で組織する労働組合、組合がない場合は労働者の過半数を代表する者と締結します。
主に、労働基準法の制約を超えて働き方を変更する場合などに締結が必要です。
ここでは、労使協定と混同しやすい3つの制度を取り上げ、それぞれの違いを解説します。

（1）36協定との違い

36協定は、数ある労使協定の一種として位置づけられる協定です。
正式には「時間外労働・休日労働に関する協定」と呼ばれ、法定労働時間を超える労働や休日労働を命じる場合に締結し、労働基準監督署へ届け出る必要があります。
これに対して労使協定は、事業主と労働者の間で取り交わされるさまざまな約束事の総称であり、36協定もそこに含まれます。
労使協定には、時間外労働に関する取り決めのほか、変形労働時間制や賃金控除、年次有給休暇の計画的付与など、幅広い労働条件に関する内容が含まれます。
なお、36協定の届出様式に労使双方の署名または記名押印がある場合は、協定届が労使協定書を兼ねることも可能です。
36協定は、労使協定のうち時間外・休日労働に特化したものと理解しておくと整理しやすくなります。

（2）労働協約との違い

労働協約と労使協定は、締結の主体と効力が及ぶ範囲に大きな違いがあります。
労働協約は、労働組合と使用者が賃金や労働時間、解雇の基準など幅広い労働条件について取り決め、書面に双方が署名または記名押印することで成立するものです。
労働組合法にもとづく制度であり、原則としてその労働組合の組合員に効力が及びます。
一方、労使協定は労働基準法などにもとづき、事業場の労働者の過半数で組織する労働組合または過半数代表者と結ぶ取り決めです。
対象は組合員に限定されず、その事業場で働く労働者全体に関わるものとなります。
労働組合がない企業でも締結できる点も、労働協約との違いの一つです。
両者を混同すると手続きを誤るおそれがあるため、どちらの制度にもとづく取り決めなのかを意識して管理することが大切です。

（3）就業規則との違い

就業規則は、使用者が作成し、事業場の労働者が守るべきルールや労働条件をまとめたものです。
始業・終業の時刻や休日、賃金、退職に関する事項など、具体的な労働条件を記載します。
常時10人以上の労働者を使用する事業場では就業規則の作成が義務づけられており、労働基準監督署への届出も必要です。

一方、労使協定は、特定の事項について労働基準法の原則に対する例外を認めるために、労使の合意内容をまとめたものです。
労使協定を締結すると、本来であれば法律違反となる働き方をさせても罰則が適用されなくなる、いわゆる免罰効果が生じます。
ただし、労使協定そのものに労働者へ残業を命じる効力はなく、実際に時間外労働を命じるには、就業規則や労働契約にその根拠を定めておかなければなりません。

基本的には就業規則が労働条件の土台となり、特例的な取り決めが必要な事項を労使協定で補う関係にあると整理できます。

2.労使協定の届出の要・不要

労使協定には多くの種類があり、労働基準監督署への届出が必要なものと不要なものに分かれます。
届出が必要な協定を提出しなかった場合は罰則の対象となる一方、届出が不要な協定であっても締結そのものは必要です。
主な労使協定と届出の要否を、以下の表にまとめました。

届出の要・不要
要	労働者の貯蓄金の管理に関する労使協定（労働基準法第18条）
要	1年単位の変形労働時間制に関する労使協定（労働基準法第32条の4）
要	1週間単位の非定型的変形労働時間制に関する労使協定（労働基準法第32条の5）
要	時間外労働、休日労働に関する労使協定（36協定）（労働基準法第36条）
要	事業所外におけるみなし労働時間制に関する労使協定（労働基準法第38条の2）
要	専門業務型裁量労働制に関する労使協定（労働基準法第38条の3）
不要	賃金から法定控除以外の控除を行う場合（労働基準法第24条）
不要	フレックスタイム制に関する労使協定（清算期間が1ヶ月未満）（労働基準法第32条の3）
不要	休憩の一斉付与の例外（労働基準法第34条）
不要	年次有給休暇の時間単位での付与（労働基準法第39条）
不要	年次有給休暇の計画的付与（労働基準法第39条）
不要	年次有給休暇における賃金を標準報酬日額で支払う場合（労働基準法第39条）
不要	育児休業、看護休暇、介護休業の取得ができない者の範囲（育児・介護休業法第6条と12条）

上記のように、労使協定といっても種類が非常に多く、届出が必要かどうかもそれぞれ異なります。
届出が不要な協定でも、締結した協定書は事業場で保管し、労働者へ周知しなければなりません。
また、フレックスタイム制は清算期間が1ヶ月を超える場合に届出が必要となるなど、運用方法によって扱いが変わる協定もあります。
不要な事務手続きを避けつつ届出漏れを防ぐためにも、上記を確認のうえ、適切に対応しましょう。

3.労使協定違反の罰則

3労使協定に違反すると、労働基準法にもとづく罰則が科せられる可能性があります。
違反の中心となるのは36協定に関するもので、協定を締結せずに残業をさせたり、定めた上限を超えて働かせたりするケースが該当します。
ただし、すべての違反に直ちに罰則が適用されるわけではありません。
通常はまず是正勧告などの行政指導が行われます。
ここでは、違反の種類ごとの罰則と、あわせて押さえておきたい時間外労働の上限規制について解説します。

（1）36協定違反の罰則

36協定に関する違反は、労使協定違反のなかでも特に重い罰則の対象です。
36協定を締結・届出しないまま時間外労働や休日労働をさせた場合や、協定で定めた上限を超えて働かせた場合、労働基準法違反として扱われます。
悪質と判断されれば、6ヶ月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科せられる可能性も。
（2025年6月に施行された改正刑法により、従来の懲役刑は拘禁刑に一本化されました。）
書類送検された事案では企業名が公表されることもあります。
罰則以上に社会的な信用の低下が経営に影響しかねません。
36協定の未締結や上限超過は、企業にとって法的にも対外的にも大きなリスクとなります。

（2）届出義務違反の罰則

届出が必要な労使協定を提出しなかった場合も、罰則の対象です。
労働基準法では、協定の締結だけでなく、労働基準監督署への届出までを使用者の義務として定めています。
1年単位の変形労働時間制や専門業務型裁量労働制などの協定届を提出しないまま制度を運用した場合、30万円以下の罰金が科せられることがあります。
罰則に加えて、労働基準監督署の調査で是正を求められ、制度の運用そのものを見直さざるを得なくなるケースも少なくありません。
届出漏れは手続き上の小さなミスに見えても、企業の負担を大きくする原因となります。
協定を締結した段階で安心せず、届出の要否と提出状況を必ず確認しておくことが大切です。

（3）時間外労働の上限規制

時間外労働には、36協定を締結したうえでも超えてはならない上限が法律で定められています。
労働基準法は1日8時間・週40時間を法定労働時間としており、これを超えて働かせるには36協定の締結と届出が欠かせません。
そのうえで、時間外労働は原則として1ヶ月45時間、1年360時間までとされています。
特別の事情がある場合は、特別条項を設けることで上限を一時的に超えることが可能です。
ただし特別条項を設けた場合でも、時間外労働は1年720時間以内、時間外労働と休日労働の合計は1ヶ月100時間未満、2〜6ヶ月平均80時間以内に収めなければなりません。
月45時間を超えられるのは年6回までです。
2024年4月からは、それまで適用が猶予されていた建設業や自動車運転業務、医師などにも上限規制が適用されています。
上限を守れているかを判断するには、労働時間を正確に把握していることが前提となります。

4.労使協定違反を防ぐためのポイント

労使協定違反には、意図的に行われるケースと、意図せずに起きてしまうケースがあります。
特に後者は、労働時間の集計漏れや把握の遅れによって、気づいたときには上限を超えていたという形で発生しがちです。
協定を締結するだけでなく、その内容どおりに運用できているかを日々確認できる仕組みが求められます。
意図しない違反を防ぐために、次のポイントを押さえましょう。

（1）勤怠管理システムの導入

労使協定を確実に守るには、勤怠管理システムで労働時間をリアルタイムに把握できる体制を整えることが効果的です。
紙のタイムカードやExcelによる集計では、締め日を迎えるまで残業時間の累計がわからず、上限超過に気づくのが事後になりやすい傾向があります。
勤怠管理システムなら、ICカードやスマートフォンなどによる打刻データをもとに、時間外労働や休日労働の時間が自動で集計されます。
さらに、36協定で定めた時間に近づいた従業員や管理者へアラートを出す機能を備えたシステムであれば、上限に達する前に業務の割り振りを見直すことも可能です。
変形労働時間制やフレックスタイム制など、協定ごとに異なる労働時間のルールを設定して集計できる点も大きな利点です。
協定に沿った勤務体系を無理なく実現するために、勤怠管理システムの導入を検討してみてください。

（2）正確な勤怠記録を残す重要性

労使協定を適切に運用するうえで、正確な勤怠記録はすべての土台となります。
そもそも使用者には、労働時間を適正に把握し、その記録を保存する義務が課されています。
労働安全衛生法では、タイムカードやパソコン使用時間の記録といった客観的な方法での労働時間の把握が求められています。
また、労働基準法第109条により、出勤簿やタイムカードなどの労働関係に関する重要な書類は5年間（当分の間は3年間）保存が必要です。
違反した場合は30万円以下の罰金の対象となります。

自己申告による記録や後からの手修正が多いと、実際の労働時間との乖離が生じやすいもの。
労働基準監督署の調査や未払い残業代をめぐるトラブルの際、適正な運用を証明できないおそれがあります。
勤怠管理システムを活用すれば、打刻データや修正履歴がそのまま記録として残り、必要な期間のデータをいつでも確認できます。
正確な記録を日々積み重ねることこそが、協定違反の防止と企業を守る備えにつながります。

（3）適切な36協定の締結

36協定は、自社の業務実態に即した内容で締結することが不可欠です。
実態とかけ離れた上限時間だと、繁忙期にすぐ上限へ達して違反を招いたり、必要以上の残業を許容する原因になります。
締結前には、過去データをもとに部署ごとの残業時間や繁忙期の傾向を確認しましょう。
必要な延長時間や特別条項の発動条件を検討することが大切です。
あわせて、過半数代表者を労働者の投票や挙手などの民主的な方法で選出し、超過勤務の時間や条件について明確な合意を得ることも欠かせません。
手続きと内容の両面から適切な36協定を締結することで、違反のリスクを低減できます。

（4）法改正への対応

労働基準法をはじめとする労働関係法令の改正には、迅速に対応することが必要です。
労働時間に関するルールは近年も見直しが続いています。
改正内容を把握していないと、意図せず違反状態に陥るおそれがあります。
働き方改革による時間外労働の上限規制や、2024年4月の建設業・運送業などへの適用拡大は、その代表例です。
法改正の情報を定期的に確認し、就業規則や協定内容の見直し、管理者教育の体制を整えましょう。
勤怠管理システムによっては、法改正に合わせて集計ロジックや機能がアップデートされるものもあり、自社で対応する負担を軽減できます。
関係者が最新の法令を理解したうえで、労使協定を締結・運用できることが重要です。

（5）従業員教育

労使協定の内容や法令遵守の重要性について、従業員に適切に教育することも欠かせません。
従業員が自身の権利や義務を理解していれば、残業の事前申請や正確な打刻が習慣化し、労使協定の遵守につながります。
管理職には、部下の労働時間を把握し、上限を超えないよう業務を調整する役割が求められます。
教育とあわせて、客観的に見て労使協定を守れる業務量になっているかを判断することが重要です。

（6）内部監査体制の確立

労使協定の遵守状況は、定期的な内部監査で確認する体制を整えることが大切です。
締結・届出しただけでは、現場での運用が協定どおりになっているかまで確認できません。
監査では、36協定の上限時間と実際の時間外労働の比較、特別条項の発動回数、打刻データと入退室記録やパソコンのログとの乖離などを点検します。
勤怠管理システムに蓄積されたデータを使えば、部署別・個人別の労働時間を短時間で抽出でき、監査の負担も軽くなります。
問題が見つかった場合には早急に是正措置を講じ、違反の深刻化を防ぎましょう。